所謂采用旁路再熱的電廠脫硫系統，就是將130～150℃的原煙氣與吸收塔排出的、溫度只有45～65℃的潔凈煙氣相混合。通常，原煙氣與潔凈煙氣的混合地點在進入煙囪前的煙道上，在某些設計中，采用多孔板或其他裝置以完善兩種煙氣的混合過程。在早期建造的某些FGD系統中，將旁路煙氣和潔凈的煙氣分別采用不同的煙道將它們直接送入煙囪中，這樣，兩種煙氣就在煙囪中進行混合。

混合煙氣的溫度與兩種煙氣的數量和各自的溫度有關，將總煙氣量的30%的原煙氣與潔凈煙氣相混合，在完全混合條件下，可使混合煙氣溫度升高27℃左右。在實際運行中，要使煙氣完全混合是非常困難的，經常會出現高低溫煙氣的分層流動現象，尤其是在煙囪入口前的煙道中進行混合，并且未采用有效的混合裝置時。煙氣再熱的程度也受潔凈煙氣所帶水分的影響，潔凈煙氣越潮濕，混合后煙氣的溫度也越低，因為旁路煙氣的大量熱能被蒸發液滴所消耗。

兩個擋板之間，可以引入密封空氣，這項設計可以確保在不需要旁路煙氣時，煤炭脫硫設備不會有煙氣泄漏。兩個擋板中的下游擋板采用反向葉片的百葉窗擋板（opposed-balde），因為與平行葉片的百葉窗相比，這種設計對煙氣流量有較好的調節性能。上游平行葉片百葉窗擋板價格便宜，且密封性能良好。

旁路再熱系統的安裝和運行相對較便宜。通常采用一個自動控制器調節旁路擋板葉片的位置以維持設定的煙囪溫度。因為大多數FGD系統都有一個旁路煙道以供機組啟動或緊急情況時使用，所以唯一需要另外增加的裝置就是那些用于控制旁路煙氣流量和在混合煙氣進入煙囪之前改善煙氣混合效果的設備。但是，旁路再熱的一個較主要的缺點就是旁路未處理的煙氣降低了FGD總的脫硫效率，所以采用旁路再熱僅限于那些對脫硫效率要求不高（低于80%）的機組。在美國，早年建設的一些只要求70%的平均脫硫效率的FGD系統，大量采用了旁路再熱系統。

采用在煙囪中進行冷熱氣體混合的旁路再熱系統（冷煙氣與熱煙氣從兩個煙氣進口分別進入煙囪）中，經常有煙囪內襯發生傾斜的現象發生。這種傾斜現象是由于煙囪煙氣入口對面內襯壁上的磚和膠凝材料發生膨脹而引起的，后面將討論到，旁路再熱造成了一個非常嚴重的腐蝕性運行環境。由于這樣或那樣的問題，現在一般不推薦采用旁路再熱系統。

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